Фамилия Лепетя — один из тех случаев, когда написание подсказывает произношение, а произношение — возможное прозвище. В ней нет типичных русских суффиксов -ов или -ин, а окончание -я сразу указывает на южнославянские или западноукраинские корни. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища Лепетя, то есть «тот, кто лепечет» — человек с невнятной, торопливой речью, либо ребёнок, который только учится говорить. В диалектах слово «лепетать» означало не только «говорить неразборчиво», но и «болтать без умолку», так что прозвище могли дать и словоохотливому соседу.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с глаголом «лепить»: в некоторых говорах «лепетя» — это тот, кто лепит из глины, то есть гончар или печник. Однако для ремесленной фамилии логичнее было бы окончание -арь (Лепетарь) или -ник, так что версия с «лепетом» выглядит убедительнее. Подтверждает это и параллель с фамилиями Лепетухин, Лепетюк, Лепетан — все они образованы от той же звукоподражательной основы «леп-», имитирующей невнятную речь.

Географически фамилия Лепетя встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в южных областях Беларуси. В России она редка и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев из этих регионов. Суффикс -я в украинских фамилиях часто выполнял роль уменьшительного или пренебрежительного — как в фамилиях Мазепа, Голота, — поэтому Лепетя могло означать «лепечущий человечек», «болтунишка».

О сословной принадлежности носителей фамилии судить сложно: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за казаком, и за мещанином. В ревизских сказках XIX века она не фигурирует как дворянская, что косвенно указывает на простонародное происхождение. Сегодня фамилия сохраняет редкую огласовку и не смешивается с более частотными Лепетовыми или Лепетиными — это её главная отличительная черта.