Фамилия Левонид — редкая и с точки зрения русского словообразования нестандартная. Её первое, что бросается в глаза, — окончание -ид. В русских фамилиях такой суффикс почти не встречается в исконных моделях. Обычно -ид характерно для фамилий греческого происхождения (например, Пападимитриу, Христофоридис), но в русской среде оно могло появиться через греческое духовенство или через южнославянское влияние.

Основа фамилии — Левон. Это народная форма имени Леонтий (от греческого «леон» — лев). В русских говорах имя Леонтий часто превращалось в Левон, особенно на юге России и Украине. Отсюда пошли фамилии Левонов, Левонин, Левоничев. А вот Левонид стоит особняком. Скорее всего, это не русская фамилия в классическом понимании, а либо искусственная семинарская фамилия, либо русифицированная версия греческой фамилии Левонидис.

Семинарские фамилии давали выпускникам духовных училищ и семинарий. Их часто образовывали от имён святых, придавая окончаниям «благородное» звучание — в подражание греческим или латинским фамилиям. Левонид могло возникнуть как «учёная» фамилия от имени Левон с добавлением греческого патронимического суффикса -ид. В таком случае предок носителя был либо священником, либо выходцем из среды, где ценились книжные, нерусские формы.

Вторая версия — фамилия могла прийти с греками, переселившимися в Российскую империю (например, из Малой Азии или Причерноморья). Греческая фамилия Левонидис при адаптации в русской среде потеряла окончание -ис и стала звучать как Левонид. Тогда предки — греческие купцы, моряки или ремесленники, осевшие в южных портовых городах: Одессе, Таганроге, Мариуполе.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в Краснодарском крае. В центральных и северных областях она почти не фиксируется. Это дополнительно подтверждает её возможное греческое или южное происхождение.

Написание фамилии устойчивое — через «и» в окончании, не путать с Левонидой (женским именем) или Леонидом (распространённым именем). Встречаются единичные варианты Левонидов — попытка «обрусить» фамилию, добавив стандартный суффикс принадлежности. Но основная форма остаётся без него, что и делает Левонид заметной среди соседей по списку.