Фамилия Линниченко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, указывал на потомка или ученика: буквально Линниченко — «сын Линника» или «маленький Линник». Таким образом, в основе фамилии лежит прозвище Линник, которое и дало начало целому гнезду родственных фамилий.

Само прозвище Линник, скорее всего, связано с названием рыбы линь. В старину линь был обычной промысловой рыбой, и прозвище могли дать рыболову, торговцу рыбой или человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — например, медлительностью или характерным цветом кожи (линь при вытаскивании из воды покрывается тёмными пятнами). Вторая, менее вероятная версия, возводит прозвище к диалектному слову «линь» в значении «лентяй» (от глагола «линять» — уклоняться от работы). Однако в контексте фамилий, образованных от названий рыб, первая версия выглядит убедительнее: на Украине немало фамилий-«рыбаков»: Карасенко, Щученко, Окунев.

Изначально фамилия Линниченко бытовала преимущественно в центральных и южных регионах Украины, где был развит рыбный промысел. В XIX веке с миграцией крестьян и казаков она распространилась на Кубань и в южные губернии России. Стоит обратить внимание на двойное «н» в корне: это результат адаптации слова на письме. Первая «н» принадлежит основе (Лин-), вторая — суффиксу (-ник-), который в украинском языке часто даёт удвоение при добавлении -енко: Линник → Линниченко. Встречается и вариант написания через одно «н» — Линиченко, но он менее точен этимологически.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым. Среди Линниченко встречались и казаки, и крестьяне, и мещане. Известен, например, профессор Новороссийского университета историк Иван Андреевич Линниченко (XIX век), что подтверждает: фамилия не была закреплена за одним сословием. В целом, фамилия Линниченко — типичный пример украинской патронимической фамилии, образованной от прозвища по роду занятий или внешнему признаку.