Фамилия Липейко образована по распространённой в восточнославянских землях модели с суффиксом -ко, который в украинском и белорусском языках выполнял функцию уменьшительности и принадлежности. В основе фамилии лежит мирское имя или прозвище Липей.

Самая очевидная версия связывает имя Липей с названием дерева липа. В древности у славян был обычай давать детям «растительные» имена, чтобы природа приняла ребёнка как своего, передала ему силу, здоровье и долголетие. Липа в народной культуре — дерево-оберег, символ мягкости, плодородия и целительной силы. Поэтому Липеем могли назвать ребёнка с пожеланием жизненной стойкости.

Однако не исключено, что Липей — это прозвище взрослого человека. Прозвище могли дать тому, кто жил возле липовой рощи, или знахарю, который собирал липовый цвет и готовил из него лекарства (липа издавна применяется в народной медицине). В этом случае фамилия указывает на место жительства или род занятий предка.

Менее распространённая, но тоже имеющая право на существование версия выводит прозвище Липей из украинского диалектного глагола «липати» — «отдирать верхний слой, разбивать, ломать, бить». Если так, то прозвище могло относиться к строителю, который «отдирал» старую кору или разбивал камни, то есть к человеку, занятому грубой физической работой. Впрочем, эта версия уступает первой по вероятности: связь с липой как самым узнаваемым словом для носителей языка выглядит естественнее.

Словообразовательный элемент -ей- в основе Липей — это, скорее всего, суффикс, придающий имени характерный для украинских и белорусских говоров оттенок: ср. аналогичные модели Бондарь — Бондарей, Коваль — Ковалей. Суффикс -ко в фамилии Липейко указывает на то, что предка звали Липей, а его потомки стали Липейками.

Фамилия преимущественно украинская, встречается также в южных и западных областях России, куда переселялись украинцы. Встречаются варианты написания Липейко и Липейко́, с ударением на последний слог, что типично для украинских фамилий на -ко.