Фамилия Липис — редкая и загадочная, и её происхождение сразу ставит перед исследователем несколько вопросов. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичного русского суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский). Это значит, что фамилия, скорее всего, не образована в русской среде по стандартной модели, а либо пришла извне, либо является застывшей формой прозвища.

Наиболее вероятная версия — литовское или балтийское происхождение. В литовском языке слово «lipis» означает «липкий, клейкий» или «липучка». Прозвище Липис могли дать человеку за какую-то цепкость, навязчивость или, напротив, за мастерство в чём-то, требующем «прилипания» (например, в пчеловодстве, где работают с прополисом, или в ремесле, связанном с клеем). В этом случае фамилия могла сохраниться в первоначальной форме без адаптации к русским суффиксам, что указывает на относительно позднее закрепление или на то, что предок долго жил в литовскоязычной среде.

Вторая версия, менее распространённая, — греческая. В греческом языке «липис» (λείψις) означает «недостаток, отсутствие» или «оставление». Такая фамилия могла быть искусственной, семинарской, то есть данной в духовных училищах. Однако для фамилии Липис это маловероятно: семинарские фамилии обычно образовывали по латинским или греческим корням с помощью суффиксов (-ов, -ский), а чистая основа «Липис» в таком контексте нехарактерна.

Географически фамилия Липис встречается в основном на западе России, в Беларуси, а также в Литве и Латвии. Это подтверждает балтийскую гипотезу. Если искать однокоренные русские фамилии, то ближе всего стоят Липин (от липа) или Липский (от названия местности), но они не имеют прямого отношения к «липкому» корню. Таким образом, носитель фамилии Липис, скорее всего, потомок человека из балтийского региона, получившего прозвище за характерное качество или занятие, а сама фамилия сохранилась в почти неизменном виде, минуя типичную русскую словообразовательную обработку.