Фамилия Липняговы образована от личного прозвища, и её разбор показывает, как в русских фамилиях уживаются разные славянские языковые традиции. В основе, скорее всего, лежит прозвище Липняга. Самая прямая версия связывает его с украинским словом «липник» — так называли лепщика, гончара. Если это так, то основатель рода Липняговых занимался гончарным ремеслом: лепил из глины посуду, игрушки или кирпич. Прозвище по профессии — один из самых частых источников русских фамилий, поэтому эта версия выглядит убедительно.

Менее вероятно, что фамилия восходит к мирскому имени Липень. В белорусском языке «липень» означает июль. Такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в этом месяце, — до крещения Руси имена по календарю или природным явлениям были обычным делом. Однако у этой гипотезы слабое место: от имени Липень естественнее было бы образовать фамилию Липенев, а не Липнягов. Суффикс -яг- встречается реже и чаще указывает на прозвище, чем на календарное имя.

Сама фамилия построена по стандартной модели: прозвище Липняга плюс патронимический суффикс -ов. Это значит, что Липнягов — буквально «сын Липняги». Фамилия закрепилась в формах множественного числа (Липняговы), как это принято при обозначении целого рода. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, и в каждом регионе — по-своему. Можно лишь предположить, что корни Липняговых — в южнорусских или украинских землях, где слово «липник» было в ходу, а суффикс -яг- встречается в местных прозвищах.

Фамилия Липнягов остаётся редкой, её нет в списках массовых дворянских или купеческих родов. Это не делает её менее ценной: такие фамилии — живые свидетельства ремёсел, диалектов и народных имён, которые почти не попали в официальные документы.