Фамилия Лисинова хранит в себе сразу две возможные истории происхождения, и обе связаны с миром животных, но ведут к разным социальным корням.

Самый очевидный вариант — от прозвища Лиса или прилагательного лисиный. В русских говорах «лисой» могли назвать не только хитрого человека, но и рыжего, льстивого или того, кто умел выпутываться из сложных ситуаций. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Лисинов буквально означало «сын Лисы» или «из рода Лисы». Такая модель образования — одна из самых массовых в русских фамилиях, но в данном случае основа неканоническая, мирская, что типично для крестьянской и посадской среды XV–XVII веков.

Однако есть и менее очевидная версия, которую стоит рассмотреть. Фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия населённого пункта вроде Лисино, Лисиново. Такие топонимы встречаются в Новгородской, Тверской и Псковской областях, и нередко они происходят от того же звериного корня — места, где водилось много лис. В этом случае Лисинова — это указание на географическое происхождение: «из Лисина». Женская форма фамилии (на -а) здесь не должна смущать: в русской традиции она закрепилась за женщинами, а мужская форма — Лисинов.

Интересно, что в некоторых южнорусских говорах слово «лисина» означало не только самку лисы, но и плешь, лысину (от «лисый» — плешивый). Если предок носил прозвище Лисый, то фамилия могла писаться через -ин: Лисин. Но форма Лисинова с суффиксом -ов- всё же указывает на притяжательное значение «чей?» — то есть на прозвище Лиса, а не на признак «лысый». Поэтому версия с «плешью» маловероятна, хотя полностью её исключать нельзя.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число распространённых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки Лисиновых — крестьяне или однодворцы из центральных или северо-западных губерний России. Фамилия не меняла форму с течением времени и сохранила своё исходное звучание, что делает её прозрачной для этимологического разбора, но не отменяет спора между прозвищным и топонимическим происхождением.