Фамилия Лисиновы — это отчество второго порядка, то есть «внучество»: Лисинов — сын Лисина, внук человека по имени или прозвищу Лиса. Такая модель образования (мирское имя + суффикс -ин, затем ещё один патронимический суффикс -ов) встречается реже, чем простая форма на -ин или -ов, и указывает на то, что фамилия закрепилась в крестьянской или посадской среде, где родовая память фиксировалась именно через деда.

Основная версия происхождения — от мирского имени Лиса. В дохристианской традиции ребёнку могли дать «звериное» имя, чтобы природа приняла его как своего. Однако в случае с лисой переносимые качества двойственные: с одной стороны, хитрость и льстивость, с другой — практическая сметка. В народе про это сложили немало поговорок: «Лиса и во сне кур у мужика в хлеве считает», «Где я лисой пройдусь, там три года куры не несутся», «Лиса всё хвостом покроет». Так что прозвище Лиса мог получить как хитрый и изворотливый человек, так и просто удачливый промысловик.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия, которую приводят при разборе фамилии: связь с прилагательным «лысый». В некоторых говорах «лысый» звучало как «лисый», и тогда прозвище Лиса могло относиться к человеку с залысинами. В тех же диалектах «лисый» иногда означало «жёлтый», так что прозвище могло указывать на рыжеватый цвет волос. Но эта гипотеза слабее: основная масса фамилий на Лисин- и Лисинов- в документах XVI–XVII веков устойчиво связывается именно с животным, а не с цветом или лысиной.

Фамилия Лисиновы — нечастый вариант по сравнению с более распространёнными Лисицын или Лисин. Она фиксируется в основном в центральных и южнорусских регионах, но точное место возникновения не установлено. В отличие от фамилий на -ский, которые нередко указывали на географическое название, Лисиновы — типичная «деревенская» фамилия, образованная от прозвища или имени, которое давали в быту.