Фамилия Лисицин (и её более распространённый вариант Лисицын) произошла от мирского имени или прозвища Лисица. В древнерусской традиции имя Лисица давали ребёнку, чтобы природа воспринимала его как своего, а вместе с именем к нему перешли бы хитрость, ловкость и другие качества, приписываемые этому зверю. Однако нередко Лисицей прозывали уже взрослого человека — за плутоватый нрав или рыжий цвет волос.

Модель образования типична для русского языка: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Лисицин буквально означает «сын Лисицы» или «из семьи Лисицы». В писцовых книгах XV–XVII веков масса примеров: Андрейко Лисица (1495 год, Исегринский погост), Якуш Лисица (1495 год, Сеглинский погост), Еска Лисица из Новгородской области. Любопытно, что уже в 1498 году в Псковской земле упоминается Федот Лисицин — одна из самых ранних фиксаций именно фамильной формы. Позже встречаем Сенку Лисицина (1539 год), а в 1585 году — Булгака Лисицина, московского серебряного мастера. В «Словаре пермских фамилий» Е. Поляковой отмечен крестьянин Мануйлик Яковлев сын Лисицын (1623 год) из деревни Чудское Городище на реке Усолке.

Не обошлось и без сословного разнообразия. Лисицами записаны и крестьяне, и торговые люди, и священники, и даже посол гетмана Самойловича Иван Лисица (1687 год). Вологодский крестьянин Лисица Алексей упомянут в 1503 году в трудах С. Веселовского.

Особая страница — тульские самоварщики Лисицыны. Род основал оружейник Фёдор Лисицын, который в XVIII веке выбился в купцы и наладил производство знаменитых тульских самоваров. В XX веке фамилию прославили шахматист Георгий Михайлович Лисицын (1909–1972), учёный-селекционер Пётр Иванович Лисицын (1877–1948), Герои Советского Союза разведчик Константин Сергеевич Лисицын (1923–1970), лётчик Дмитрий Фёдорович Лисицын (1913–1948) и морской пехотинец Юрий Егорович Лисицын (1920–1989).

На письме фамилия встречается в двух вариантах — Лисицын и Лисицин. Разница чисто орфографическая: до реформы русского правописания написание через «ы» было нормой, а после 1918 года «и» стало допустимым, хотя многие носители сохранили историческую форму.