Фамилия Лисицина образована от мирского имени или прозвища Лисица. В древнерусской традиции именования животных были распространены: называя ребенка Лисой, родители надеялись, что природа примет его как своего и передаст ему ловкость и хитрость зверя. Но чаще Лисицей называли уже взрослого человека — за рыжий цвет волос или плутоватый нрав.

Документы подтверждают, что имя Лисица бытовало повсеместно с XV века. В «Словаре древнерусских личных собственных имен» М. Тупикова за 1495 год сразу несколько крестьян из разных погостов Новгородской земли носят это имя: Андрейко, Поликарпов, Якуш, Еска. Встречаются Лисицы и среди торговых людей (Ионка Лисица, 1498 год, Ивангород), и среди духовенства (новодворский священник Лисица, 1665 год), и в Запорожском войске (Павел Лисица, 1674 год). Уже в конце XV века появляются первые фамильные формы на -ин: в псковских землях записан Федот Лисицин (1498 год), а в московских документах — Булгак Лисицин, серебряный мастер (1585 год).

Основа фамилии — существительное «лисица». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лисицина — дочь или жена Лисицы, а в мужском варианте Лисицин — «сын Лисицы». Ударение в фамилии чаще падает на второй слог, но встречается и вариант Лиси́цына. Написание через «ы» (Лисицына) исторически не менее распространено: в «Словаре пермских фамилий» Е. Поляковой упомянут крестьянин Мануйлико Яковлев сын Лисицын из Чудского Городища на реке Усолке (1623 год). Разница в написании — результат разного произношения и местных традиций письма: в одних говорах «и» после «ц» звучало твердо, в других — мягко.

В истории России известен род тульских самоварщиков Лисицыных. Основатель династии, оружейник Федор Лисицын, в XVIII веке выбился в купцы и наладил производство знаменитых тульских самоваров. Это редкий случай, когда фамилия связывает владельца не с абстрактным прозвищем, а с конкретным ремесленным кланом, оставившим след в материальной культуре.

Среди носителей фамилии — советский шахматист Георгий Михайлович Лисицын (1909—1972), ученый-селекционер Петр Иванович Лисицын (1877—1948), а также несколько Героев Советского Союза: разведчик Константин Сергеевич Лисицын (1923—1970), летчик Дмитрий Федорович Лисицын (1913—1948) и морской пехотинец Юрий Егорович Лисицын (1920—1989).