Фамилия Лизунова принадлежит к числу древних русских родовых именований, образованных по модели «прозвище + суффикс принадлежности». В основе лежит прозвище Лизун. Казалось бы, всё очевидно: «лизун» — тот, кто любит лизать, или, в переносном смысле, подлиза, льстец. Но за этим бытовым прозвищем может скрываться и мирское имя Лизун — просторечная форма крестильного имени Елизар (из древнееврейского Эли‘эзер — «Бог помог»). В старину родители нередко давали детям «домашние» имена, сокращая церковные до неузнаваемости, так что Лизун вполне мог быть уменьшительным от Елизара.

Именно эта версия — связь с крестильным именем — кажется историкам более правдоподобной для фамилий такой давности. С. Б. Веселовский в своём ономастиконе приводит ранние упоминания: Даниил Григорьевич Лизун Тургенев (конец XV века), от него пошли Лизуновы-Тургеневы; Андрей Григорьевич Лизунов (1506 год, Муром); Михаил Никифорович Лизунов (1601 год, Новгород). Эти записи показывают, что прозвище-имя Лизун бытовало в разных слоях общества — от служилых людей до новгородцев.

Фамилия Лизунова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Лизуновых. Мужской вариант — Лизунов. Географически фамилия чаще встречается в центральных и северных областях России, что подтверждается и старыми новгородскими корнями. В отличие от многих «вкусных» фамилий (Сахарова, Медовников), Лизунова не связана с профессией или ремеслом — её основа лежит в области личных прозвищ и имён.