Фамилия Логуткин образована от имени или прозвища Логутка — уменьшительной формы одного из двух возможных исходных слов. Основная и наиболее распространённая версия связывает Логутку с каноническим именем Лонгин (в русской традиции также Логгин). Это имя латинского происхождения: от longus — «длинный», а в переносном смысле — «высокий». Так что в основе Логуткина может лежать имя, которое в крестьянской среде нередко сокращали и переделывали на свой лад, добавляя суффикс -утк- (ср. Ванютка, Мишутка). Поэтому фамилия Логуткин — это буквально «сын Логутки», то есть потомок человека, которого звали Лонгином.

Менее вероятна версия, по которой Логутка — это не имя, а прозвище от глагола «логозиться», то есть ссориться, спорить, капризничать. В таком случае прозвище могли дать заядлому спорщику или неуживчивому человеку. Есть и третье предположение: прозвище Логутка могли связать со словом «лог» — широкий овраг, поросший травой ущелье. Тогда прозвище указывало бы на место жительства — у оврага или в низине.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского Северо-Запада и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду («чей?» — Логуткин), а основа на -а (Логутка) характерна для неофициальных имён и прозвищ в новгородских и псковских говорах. Эта модель встречается реже, чем патронимы на -ов, поэтому фамилия Логуткин сохраняет региональный оттенок.

Из трёх гипотез первая — от имени Лонгин через форму Логутка — выглядит убедительнее других. Имена в крестьянском быту давали повсеместно, а прозвища от «логозиться» или «лог» встречаются реже и не имеют устойчивой связи с формой Логутка. К тому же в исторических документах зафиксированы варианты Логин, Логинов, Логинкин, что подтверждает распространённость этого имени в народной среде.