Фамилия Логутина образована от просторечной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Логута — производное от канонических Лонгин или Логин. Оба эти имени восходят к латинскому корню: Лонгин означает «долгий», а Логин — «высокий». Чередование гласных в корнях логут-/лагут- объясняется влиянием «акающего» произношения, характерного для южнорусских и среднерусских говоров.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. В старину, отвечая на вопрос «чей ты будешь?», говорили: «Логутин сын», то есть сын Логуты. Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как фамилия.

В истории православия известно несколько святых покровителей имени Лонгин. Наиболее известный — мученик Лонгин, сотник, который, по преданию, пронзил копьем бок распятого Иисуса Христа. Позже, уверовав в Спасителя, он принял крещение от апостолов и оставил военную службу. С проповедью об Иисусе Христе Лонгин отправился на родину в Каппадокию, где был найден воинами Понтия Пилата и обезглавлен, приняв мученическую смерть. Святой мученик Лонгин канонизирован, день его памяти приходится на 29 октября.

Скорее всего, основатель рода Логутиных был человеком из простого сословия. Имена вроде Логута бытовали в крестьянской и посадской среде, где канонические формы нередко сокращали или переделывали на свой лад. Так что фамилия Логутина хранит память о предке, которого в быту звали уменьшительно-производным именем Логута, а в церковных книгах он мог числиться Лонгином или Логином.