Фамилия Логутовы — один из примеров того, как народная речь переиначивала церковные имена на свой лад. В её основе лежит имя Логута, которое появилось как сокращённый, обиходный вариант крестильных имён Лонгин или Логгин. Оба эти имени имеют латинские корни и в переводе означают «длинный». Однако в русских деревнях длинные и торжественные формы редко приживались в быту: их укорачивали, добавляли уменьшительные суффиксы — так и получился Логута.

Чередование гласных в корне — Логутов или Лагутов — объясняется просто: в говорах с «акающим» произношением безударное «о» звучало как «а». На письме это закрепилось, и часть носителей фамилии пишется через «а», хотя исходная форма, скорее всего, была с «о». Встречается и версия, что фамилия могла произойти от прозвища Лагун — так в некоторых областях называли полного человека невысокого роста. Но эта гипотеза выглядит менее убедительной: имя Логута встречается в старых документах чаще, чем прозвище Лагун, и имеет прямую связь с календарными именами.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Логутов — сын Логуты, потомок человека с таким именем. Суффикс этот был самым массовым в центральной России, поэтому определить по нему точную географию фамилии сложно. Можно лишь сказать, что корни рода, скорее всего, лежат в зоне акающих говоров — это южные и центральные области России.