Фамилия Логутенко — типичный образец украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках была распространена в Поднепровье и означала «сын такого-то» или «потомок». В основе лежит имя Логута — народная, обиходная форма крестильного имени Лонгин (в церковном произношении Логгин). Само имя восходит к латинскому longus — «длинный», а в переносном смысле «высокий». Так в римской традиции называли рослых людей.

Логутенко, таким образом, буквально значит «сын Логуты». Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, но закрепился именно в украинской среде и со временем перестал восприниматься как указание на родство, став просто фамильным окончанием.

В русских документах и переписях фамилию могли записывать по-разному: Логутенко, Логутенко, иногда с удвоенной «н» — Логутенко. Это связано с тем, что имя Логгин в народном произношении теряло одну «г» и звучало как Логин, а уменьшительная форма Логута закрепилась в южнорусских говорах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Логунов — это типично русский вариант, образованный по модели притяжательных прилагательных, а Логутенко — четкий маркер украинского происхождения. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками из центральных или левобережных областей Украины, где фамилии на -енко особенно распространены.