Фамилия Лопаницин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия ведёт к прозвищу или мирскому имени Лопаница. В русских говорах «лопаница» — это не только небольшая лопата, но и название рыбы (разновидность леща) или, в переносном смысле, человек с широкими, «лопатообразными» ступнями или ладонями. Суффикс -иц- в основе указывает на принадлежность к чему-то: Лопаница — тот, кто имеет отношение к лопате (работает ею) или похож на неё.

Модель образования проста: к основе Лопаниц- добавили патронимический суффикс -ин, означающий «чей?» — сын Лопаницы. То есть Лопаницин — «потомок человека по прозвищу Лопаница». Форма на -ин типична для северных и центральных областей России, где фамилии часто образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Менее вероятно, хотя и возможно, что фамилия связана с топонимом — названием деревни Лопаницы (такие встречаются в Архангельской и Вологодской областях). В этом случае Лопаницин — «выходец из Лопаниц». Однако ударение в фамилии обычно падает на второй слог (Лопанúцин), что ближе к прозвищной версии, чем к географической, где часто сохраняется ударение на первый.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лопатин, Лопаткин, Лопарев — показывает, что Лопаницин стоит особняком. У всех перечисленных основа прозрачна (лопата, лопатка), а вот «лопаница» — слово диалектное, почти вышедшее из употребления. Это делает фамилию ценной для историка языка: она законсервировала забытое народное слово.

Сословной привязки нет: Лопаницин мог быть и крестьянином, и ремесленником, и рыбаком. В архивных записях XIX века фамилия встречается спорадически, в основном на Русском Севере и в Приуралье, что подтверждает её диалектную основу.