Фамилия Лопатнишев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с орудием труда, а с человеком, который это орудие делал. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «лопат-» (от слова «лопата»), а «лопатник» — так в старых русских говорах называли мастера, изготовлявшего лопаты. Суффикс «-ник» в основе указывает на профессию, а фамильный суффикс «-ев» присоединился по модели «чей?» — то есть сын лопатника, Лопатнишев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Лопáтнишев.

Сама модель образования нетипична. В русских фамилиях редко встречается цепочка «основа на -ник + -ев». Обычно от названий ремёсел образовывали фамилии через -ов: Кузнецов, Плотников, Столяров. Но здесь основа звучит как «Лопатниш-» — это диалектная форма слова «лопатник», где «ш» появилось в результате чередования (как «печник — печнишев»). То есть исходное прозвище было Лопатник, а фамилию закрепили в форме Лопатнишев, что встречается в северных и центральных губерниях России.

Географически фамилия крайне редкая. В дореволюционных метрических книгах и переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной-двух волостях. Носители могли происходить из среды ремесленников или крестьян, занимавшихся подсобным промыслом — изготовлением деревянных лопат для хлеба, снега или земли. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения у этой фамилии нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лопатников, Лопатин — показывает, что Лопатнишев стоит особняком. Лопатин происходит от прозвища «Лопата» (широкий, неуклюжий человек), Лопатников — прямо от слова «лопатник» (ремесленник или торговец лопатами). А вот форма на «-ишев» в данном случае — не увеличительный суффикс (как в «домище»), а архаичный вариант фамильного суффикса, характерный для северных говоров. Так что предок нынешних Лопатнишевых был, по всей вероятности, именно мастеровым — лопатником, чей труд кормил семью.