Фамилия Лопатто — редкий случай, когда этимологический спор заходит на территорию сразу нескольких языков. Самая убедительная версия ведет её к итальянскому слову patto («договор, соглашение, пакт») с определённым артиклем lo. Получается что-то вроде «тот, кто связан с договором». Такое прозвище могло закрепиться за чиновником, нотариусом или посредником в сделках — человеком, для которого составление и подписание бумаг было профессией. В пользу этой гипотезы говорит и сама структура фамилии: финальное ударное «о» и двойное «т» — типичные приметы итальянских фамилий (сравните с Россетто, Торетто).

Существует и другая, куда менее правдоподобная версия. Она выводит Лопатто из русского нецерковного имени или прозвища Лопата. Прозвища по инструментам были в ходу на Руси, но здесь возникают натяжки. Чтобы из «Лопаты» получилось «Лопатто», потребовалось бы двойное преобразование: сначала удвоение согласного «т», а затем добавление финального «о» — скорее всего, под влиянием белорусского, польского или того же итальянского языка. Такое смешение возможно в пограничных или полиэтничных регионах, но выглядит искусственно: проще предположить, что фамилия изначально была итальянской, чем что её переделывали под иностранный лад.

Таким образом, наиболее вероятно, что носители фамилии Лопатто — потомки выходцев из Италии, чей предок имел дело с документами и соглашениями. Это не массовая русская фамилия, а скорее след миграции или культурного обмена, который закрепился в восточнославянской среде, сохранив свою исходную звуковую форму.