Фамилия Лопатухин образована от прозвища Лопатуха. Слово «лопатуха» в русских говорах могло означать и «большая лопата», и человека с широкими ступнями или ладонями, но основная версия связывает прозвище с топонимом. Села с названием Лопатуха встречаются в Псковской и Новгородской областях — регионах, где фамилия особенно распространена до сих пор. Житель такой деревни получал прозвище по месту жительства, и оно закреплялось за его потомками.

Но возможен и другой путь. Если прозвище Лопатуха образовали напрямую от слова «лопата», то оно могло указывать на профессию: землекопа, огородника или копальщика глины. Такие «профессиональные» именования в русской среде давали без затей — по главному орудию труда. Параллели хорошо известны: фамилии Топоров, Молотков, Граблин образованы по той же модели от названий инструментов.

Третья версия — что Лопатуха было не прозвищем, а нецерковным именем. На Руси детей называли в честь предметов быта, чтобы «обмануть» злых духов: имя Лопата, как и Топор, Ковш, Гребень, должно было сделать ребёнка незаметным. Документы это подтверждают: в XVI–XVII веках встречаются Никита Прокофьевич Лопата Хитрово (1562 год), московские помещики Юрий и Михаил Матвеевичи Лопатины (1550 год), князь Дмитрий Петрович Лопата Пожарский (1641 год). Судя по этим записям, прозвание Лопата бытовало в самых разных слоях — от посадских до знати.

Фамилия Лопатухин использует суффикс -ин, который в русской ономастике означает «чей?»: Лопатухин — сын Лопатухи. Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России. В отличие от фамилии Лопатин (от имени Лопата), форма Лопатухин встречается реже и сохраняет более архаичный диалектный оттенок — с характерным для псковско-новгородских говоров суффиксом -ух-.