Фамилия Лубовинин — один из тех редких случаев, когда разбор суффикса сразу даёт ключ к пониманию происхождения. В ней два суффикса: -ин- и -ин-. Первый (-ин) — классический притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Лубовинин. Второй (-ин-) входит в основу Лубовин-, которая сама образована от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. То есть Лубовинин — это «внук Лубовина», а Лубовин — «сын или человек Лубовы». Получается цепочка: Лубова → Лубовин → Лубовинин.

Основа Лубов- восходит к древнерусскому прозвищу или нецерковному имени Луб. В старину лубом называли кору липы или вяза, а также грубую ткань, лыко. Прозвище Луб могли дать человеку крепкого, «лубового» сложения — коренастому, плотному, либо тому, кто занимался добычей лыка или плетением лаптей. В говорах «луб» означало и нечто грубое, неуклюжее, так что прозвище могло отражать характер. Менее вероятна связь с именем Любовь через народную форму Любава — в таком случае Лубовин могло быть вариантом Любавин, но фонетика (устойчивый «у», а не «ю») указывает скорее на первое значение.

Суффикс -ин в отчествах и прозвищах типичен для северных и центральных областей России. Фамилия Лубовинин, скорее всего, возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища от ремёсел и бытовых предметов были нормой. В документах XIX века фамилия встречается в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — именно в зоне развитого лыкодерства и плетения. Редкость фамилии объясняется тем, что она прошла двойное суффиксальное наращение: большинство однофамильцев предков носили бы более простую форму Лубовин или Лубов.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Лубочников, Лубенников, Лубкин) показывает, что Лубовинин стоит в ряду тех, что образованы не от профессии, а от личного прозвища. Это значит, что первый носитель — не просто мастер по лубу, а человек, которого так прозвали за внешность или повадку.