Фамилия Лубякова ведёт начало от прозвища или мирского имени Лубяк. В основе — слово «луб»: внутренняя, волокнистая часть коры дерева, из которой делали мочало, рогожи, лапти. Лубяком могли назвать человека, занятого заготовкой лыка, плетением из него, либо того, кто, по выражению старых говоров, «лупцует», то есть бьёт, а в переносном смысле — крепкого, грубоватого, «дубового» человека.

Модель образования простая: суффикс -ов- со значением принадлежности, типичный для русских фамилий. В этом случае — «сын Лубяка» или «из семьи Лубяка». Форма Лубякова — женская или исходная (в именительном падеже мужская фамилия звучала бы как Лубяков). Стоит заметить, что в документах XVII–XVIII веков фамилии на -ов с ударением на второй слог встречались чаще в северных и центральных губерниях, особенно в Вятском, Пермском, Костромском краях — там, где лыко и луб были основным поделочным материалом.

Есть и другая, менее вероятная версия: от географического названия Лубянка (в Москве, Казани, других городах были Лубянские площади и улицы, названные по местности, где торговали лубом). Тогда Лубяков — «тот, кто с Лубянки», но для этого фамилия должна была бы иметь суффикс -ский или -ич, а не -ов. Поэтому прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

В ономастических справочниках фамилия Лубяков (и её женский вариант) не относится к числу редких, но и не входит в топ частотных. Она равномерно встречается в разных регионах России, что говорит о старом, бытовом характере прозвища — его могли дать независимо друг от друга в разных семьях. Предки современных Лубяковых скорее всего были ремесленниками, крестьянами, связанными с лесными промыслами.