Фамилия Лубяков образована от прозвища или нецерковного имени Лубяк, а тот корень — от слова «луб» или «лубок». Луб — это внутренняя часть коры дерева, липы или вяза, которую крестьяне использовали повсеместно: мочало, лыко, кровельный материал для крыш. Лубком называли и кору, и дощечку для рисования, и переплёт книги. Отсюда и прозвище Лубяк — им могли назвать человека, который занимался заготовкой лыка, плёл лапти, делал лубяные короба или торговал лубом. В русских говорах «лубяк» означало ещё и «лыковый жгут», так что прозвище могло закрепиться за ремесленником или за человеком с грубой, «лубовой» внешностью.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Лубяков — «сын Лубяка» или «из семьи Лубяка». Модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища и нецерковные имена переходили в фамилии у крестьян и посадских людей. Географически фамилия чаще встречается в центральных и северных областях России — там, где липа была основным поделочным деревом: Вологодчина, Костромская, Нижегородская губернии. В писцовых книгах XVI века нередки упоминания крестьян с прозвищем Лубяк, что подтверждает древность основы.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от названия реки Лубянка или местечка Лубяки. В таком случае фамилия могла возникнуть у выходца из этих мест, но для суффикса -ов это редкая модель — обычно топонимические фамилии заканчиваются на -ский. Поэтому версия с прозвищем-ремеслом выглядит убедительнее.

Однокоренные фамилии — Лубянкин, Лубягин, Лубянцев — все они восходят к тому же «лубу», но различаются суффиксами и диалектными формами. Лубяков среди них стоит особняком: у него нет уменьшительного оттенка, как у Лубянкина, и нет указания на место, как у Лубянского. Это прямая фамилия-прозвище, без лишних наслоений.