Фамилия Лубяненко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс указывает на родство по отцу или принадлежность к роду: буквально «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — Лубян, прозвище или мирское имя.

Само слово «луб» в славянских языках означало внутренний слой коры липы, который использовался для плетения лаптей, коробов, для кровли и как мочало. Человек по прозвищу Луб или Лубян мог заниматься заготовкой лыка, плетением из него или жить в местности, где был распространён этот промысел. В украинском языке «луб» — то же самое, а «лубяний» — сделанный из луба. Ремесло было повсеместным, поэтому фамилии с корнем Луб- (Лубенец, Лубенников, Лубяной) встречаются часто.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В Украине есть город Лубны (Полтавская область), а также сёла с похожими названиями. Житель Лубен или выходец оттуда мог получить прозвище Лубян, от которого пошла фамилия. Однако суффикс -енко характерен для Поднепровья и Левобережной Украины, а Лубны находятся как раз в этом регионе, что делает топонимическую версию правдоподобной, но не основной.

Интересная деталь: в русских говорах «лубянка» — это лукошко, корзина из лыка. В украинском «лубянка» — также вид короба. Фамилия Лубяненко может быть не только «сыном Лубяна», но и «сыном Лубянки» — то есть потомком человека, прозванного по предмету его труда. Такие прозвища по ремесленному изделию давали не реже, чем по самому ремеслу.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая. В реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах XVIII–XIX веков фамилии на -енко фиксировались у всех слоёв, но особенно массово — у свободных земледельцев и казаков. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не отмечено, что подтверждает её народное происхождение.