Фамилия Лубянина — это женская форма, которая в русской традиции указывает на происхождение от мужчины по имени Лубянин или, что чаще, от фамилии Лубянин. Сама мужская форма образована с помощью суффикса -ин, одного из самых распространённых в русской антропонимии. Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, обычно крепится к основам, оканчивающимся на -а или -я, или к словам женского рода. В данном случае основа — «Лубян» — скорее всего, является прозвищем, а не полным именем.

Корень «луб» в русском языке имеет прямое отношение к липовому лубу — внутренней части коры липы, из которой крестьяне драли лыко для плетения лаптей, коробов, рогож и мочал. Прозвище Лубян мог получить человек, занимавшийся заготовкой лыка или плетением из него. Это было распространённое ремесло в лесных районах центральной России. Лубянин — буквально «сын Лубяна» или «человек из семьи Лубяна», то есть потомок того, кто носил это прозвище.

Есть и вторая, менее очевидная, но исторически интересная версия. Фамилия может быть связана с топонимом — названием села, деревни или урочища Лубяное, Лубянка. В России множество топонимов с этим корнем, особенно в Московской, Тульской, Калужской и Рязанской областях. В этом случае Лубянин — это «выходец с Лубянки» или «житель Лубяного». Такая модель образования (от названия места через суффикс -ин) встречается реже, чем прозвищная, но для фамилий, оканчивающихся на -янин, она более характерна. Сравните: «Рязань — Рязанин» (житель Рязани). Однако в фамилии Лубянина нет суффикса -янин, он уже слился с основой: Лубян-ин, а не Лубян-янин, что всё же склоняет чашу весов в сторону прозвища.

В ономастических справочниках фамилия Лубянин фиксируется как редкая. Она не вошла в массовые списки дворянских или купеческих родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, предки носителей фамилии были ремесленниками, связанными с обработкой лыка, или жителями одного из многочисленных сёл с «лыковым» названием. В любом случае, фамилия надёжно привязана к русскому быту, лесу и ремеслу, а не к знатному роду.