Фамилия Лубяников — один из тех редких случаев, когда географическое название легло в основу фамилии напрямую, почти без посредников. В отличие от большинства русских фамилий, произведённых от прозвищ или имён, эта отсылает к конкретному месту: селу или деревне с названием Лубяники. Такие поселения встречались в основном в центральной России, например, в бывшей Калужской губернии. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище «Лубяник» (то есть выходец из Лубяников), а его дети уже записывались как Лубяниковы.

Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — Лубяников, то есть сын Лубяника). Сама основа «лубян-» восходит к слову «лубок» — внутренней части коры дерева, которую использовали для плетения коробов, лукошек и даже для кровли. В говорах «лубяной» означало сделанный из лыка или мочала. Поэтому возможна и вторая, менее вероятная версия: прозвище Лубяник могли дать мастеру по обработке лыка — лубочнику, корзинщику. Однако фамилии на -иков, образованные от названий ремёсел, обычно выглядят иначе (например, Лубянщиков, от «лубянщик»), а форма «Лубяников» точнее ложится на топонимическую модель.

Интересно, что фамилия сохранила архаичный суффикс -ик- в основе, который в современном русском языке почти не используется для образования названий жителей. Если бы село называлось Лубянки, жителя назвали бы лубянцем, а фамилия была бы Лубянцев. Форма «Лубяник» — свидетельство старой местной традиции именования: так называли человека не по отцу, а по месту выхода, и эта модель закрепилась в фамилии.

В архивных записях Лубяниковы встречаются нечасто, что подтверждает локальный характер фамилии. Её носители — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев из небольших сёл на стыке Калужской и Тульской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже типично для «географических» фамилий низших сословий: они не жаловались за заслуги, а просто прирастали к роду от места рождения.