Фамилия Лубянкин — один из тех случаев, где корень слова интуитивно узнаётся, но его значение может удивить. Основа «луб» или «лубян-» отсылает к лубу — внутренней, волокнистой части коры липы, ивы или других деревьев. В крестьянском быту луб был незаменимым материалом: из него драли мочало для рогож, кулей, верёвок, а также делали лубки — короба и лукошки. Человек, который занимался заготовкой луба или изготовлением таких изделий, мог получить прозвище Лубянка, а его потомки — фамилию Лубянкины.

Модель образования здесь простая и архаичная: суффикс -ин указывает на принадлежность (чей сын? — Лубянкин). Это типичная «патронимическая» фамилия, но не от крестильного имени, а от прозвища по роду занятий. В русском ономастиконе есть целое гнездо однокоренных фамилий: Лубяной, Лубянский, Лубягин. Лубянкин среди них выделяется тем, что суффикс -к- в основе (Лубян-к-а) мог означать не только прозвище, но и уменьшительную форму — например, Лубянка как название небольшого лубяного изделия или даже местности.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где липовые леса были распространены, а промысел по заготовке луба — обычным делом. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Лубянка, особенно в новгородских и вятских землях. Однако фамилия Лубянкин не относится к числу широко распространённых — она локализована и встречается реже, чем, скажем, Лукин или Кузнецов.

Советский и современный контекст неизбежно вызывает ассоциацию с московской Лубянкой, но это совпадение случайное: площадь и улица получили название от местности, где в древности жили выходцы из новгородского района Лубьяница или торговали лубяными товарами. К фамилии Лубянкин это не имеет прямого отношения, хотя и создаёт любопытную смысловую перекличку: носитель фамилии мог быть потомком того самого ремесленника, чей товар дал имя целому городскому урочищу.