Фамилия Лукакшин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился к основе, уже имевшей суффикс -ак. Это сразу выдает её отличную от более привычных Лукашиных или Лукиных. Если убрать патронимический суффикс -ин, останется основа Лукакша, которая и была прозвищем или неканоническим именем предка.

В основе лежит крестильное имя Лука (от латинского lux — «свет»). В русской народной традиции это имя давало множество производных форм: Лукаш, Луканя, Лукаша, а также Лукакша. Формант -кш- здесь необычен. Он мог возникнуть под влиянием диалектного произношения или как вариант отчества от имени Лукак (ср. Лукак — Лукакшин). Другая версия: это адаптация тюркского имени или прозвища, где элемент -акш- встречается чаще, но в случае с Лукакшиным славянская основа «Лука» перевешивает.

Носители фамилии Лукакшин исторически концентрировались в Поволжье, в частности в бывшей Самарской губернии и в Татарстане. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в среде крестьян или мещан, где прозвища образовывались по той же модели, что и у соседних народов, но на славянской основе. В документах XIX века встречаются варианты написания Лукакшин и Лукакшинов — последний пытался «утяжелить» фамилию под более дворянский суффикс, но не прижился.

Если сравнивать с однокоренными, то Лукакшин стоит в одном ряду с Лукашкиным (от Лукашка) и Лукашиным (от Лукаша). Разница в суффиксе — акш/аш — указывает на разные прозвищные формы одного и того же имени. В отличие от Лукашина, фамилия Лукакшин звучала более простонародно и реже встречалась в дворянских родословных. В советских справочниках она не фигурирует среди распространенных, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: предок точно был конкретным человеком, а не просто Лукой.