Фамилия Лупенков — классический пример «патронимической» модели на -ов, но с редко встречающимся суффиксом -енк-. В русской ономастике суффикс -енк- чаще указывает на украинское или белорусское происхождение: в этих языках он образует уменьшительные формы имён и прозвищ (Лупенко — «маленький Лупа» или «сын Лупы»). При переходе в русскую среду фамилию «обрусели», добавив типичное окончание -ов. Так что предки Лупенковых, скорее всего, выходцы с территории современной Украины или юга России, где такая модель была распространена.

Основа фамилии — прозвище Лупа. Самая прямая версия связывает его с глаголом «лупить»: «очищать от шелухи», «сдирать кору». Это могло дать профессиональное прозвище. Предок мог заниматься сдиранием лыка с липы (из него плели лапти и короба) или выделкой шкур. Ещё один вариант — очистка зерна (обдирка). То есть Лупа — это человек, занятый грубой, «обдирочной» работой, что было обычным делом в крестьянском быту.

Есть и менее очевидная версия — от украинского слова «лупий» (ростовщик, процентщик). Но она сомнительна: прозвища такого рода обычно получали не сами ростовщики (их чаще называли по имени-отчеству), а их должники, и вряд ли такое именование закрепилось бы как фамильное.

Наконец, нельзя сбрасывать со счетов редкое крестильное имя Луп (от латинского lupus — «волк»). В народе имя быстро превратилось в прозвище Лупа, а суффикс -енко как раз и служил для образования «сыновьих» фамилий от таких имён. Эта версия выглядит убедительнее: имя Луп хоть и редко, но встречалось в святцах, и фамилия могла возникнуть независимо от профессии.