Фамилия Луппов образована от мужского имени Лупп. В переводе с латинского это имя означает «волк». В православной традиции известен святой Лупп Солунский — раб великомученика Димитрия Солунского. Согласно житию, после казни Димитрия Лупп взял его ризу, орошённую кровью, и перстень, и этими святынями сотворил много чудес. Святого Луппа почитают в лике мучеников.

Имя Лупп в России было редким, встречалось в основном в среде духовенства и образованных слоёв. Поэтому основатель рода Лупповых, вероятнее всего, принадлежал к привилегированному сословию — возможно, к священническому или купеческому. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Луппов, то есть потомок Луппа.

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, фамилия пошла не от имени, а от прозвища Лупп, связанного с корнем «луп-». В народной речи «лупить» означало бить, колотить, а также много есть. Прозвище Лупп могли дать буяну, забияке или человеку с отменным аппетитом. Однако для фамилии Луппов более убедительным остаётся объяснение через церковное имя — хотя бы потому, что имя Лупп имеет задокументированную календарную традицию, а прозвищная версия строится только на догадках.