Фамилия Лустэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Первое, что бросается в глаза, — окончание -э, совершенно нетипичное для исконно русских фамилий. Русские фамилии образуются с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, реже — -их/-ых или -ич. Окончание -э указывает на иноязычную основу, скорее всего, западноевропейскую или прибалтийскую.

Скорее всего, фамилия Лустэ имеет немецкие или еврейские корни. В немецком языке слово «Lust» означает «радость», «удовольствие», «охота» (в смысле желания). Фамилия Луст (Lust) или Лустэ (Luste) могла возникнуть как прозвище веселого, жизнерадостного человека либо как указание на род занятий — например, на охотника (от «Jagdlust»). Окончание -е в русской передаче могло появиться при адаптации фамилии: немецкое Lust в родительном падеже или в форме множественного числа могло дать Luste, что и закрепилось как Лустэ.

Другая версия — эстонское или финское происхождение. В эстонском языке слово «luste» означает «шутка», «забава». Фамилия могла принадлежать потомкам эстонских крестьян или горожан, переселившихся в Российскую империю, особенно в Петербургскую или Псковскую губернии, где были эстонские общины. В этом случае фамилия также несет позитивный оттенок — «шутник», «балагур».

Третья, менее вероятная версия — связь с латышским словом «luste» (похотливый, сладострастный) или с польским «łusta» (ломоть, кусок). Но эти значения менее распространены и не дают убедительной картины.

Фамилия Лустэ не встречается в массовых списках русских дворянских родов или купеческих гильдий — скорее всего, она принадлежала мещанам или крестьянам, получившим фамилию при переписях XIX века. Судя по географической редкости, носители фамилии могли жить в западных губерниях России или в Прибалтике. Сегодня фамилия Лустэ — одна из тех, что напоминает о многонациональном составе Российской империи, где немецкие, эстонские и другие корни причудливо вплетались в общий русский фамильный фонд.