Фамилия Лягунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а скорее наблюдательным или даже шутливым. Вопреки первому впечатлению, предок-носитель этой фамилии вряд ли был похож на лягушку или имел с ней что-то общее по характеру. Скорее всего, прозвище Лягун дали человеку, который издавал характерные горловые звуки — например, громко икал, кашлял или имел особенность речи, напоминавшую кваканье. В русских говорах слово «лягать» имело значение «бить ногами, брыкаться», но вариант «лягуша» или «лягун» фиксировался именно как прозвище для беспокойного, суетливого или говорливого человека.

Словообразовательная модель проста: основа «ляг-» (от «лягать» или звукоподражательного «ляг») плюс суффикс «-ун», который в русском языке образует названия лиц по характерному действию (ср. «бегун», «говорун», «крикун»). Суффикс «-ов» — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Лягуна». Таким образом, Лягунов — это буквально «потомок того, кого звали Лягун».

Интересно, что фамилия имеет параллель с более распространённой Лягин. Разница в суффиксе: если Лягин образован от прозвища Ляга (человек, который лягается, брыкается), то Лягунов — от более активной формы Лягун, подчёркивающей повторяемость действия. Оба варианта относятся к пласту древнерусских нецерковных имён, которые давали по внешним признакам или поведению, и оба не имеют отношения к земноводным напрямую.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Ономасты относят её к севернорусскому и сибирскому ареалам, где прозвища на «-ун» были особенно распространены. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским — такие «характерологические» фамилии редко встречались у дворянства, предпочитавшего книжные или географические основы. Никаких сведений о знаменитых Лягуновых, вошедших в историю, нет — фамилия осталась в народной среде, что делает её особенно ценной как свидетельство живого языка и бытовой наблюдательности предков.