Фамилия Лысакова — женская форма фамилии Лысаков, которая в свою очередь образована от прозвища Лысак. В основе лежит прилагательное «лысый», а суффикс -ак в русских прозвищах часто указывал на характерный признак человека. Лысаком в старину называли человека без волос на голове, причём прозвище это могло быть как нейтрально-описательным, так и ироничным — в зависимости от обстоятельств.

Модель образования проста: прозвище Лысак + патронимический суффикс -ов (чей? — Лысаков), означающий принадлежность потомку. Лысакова — буквально «дочь (или жена) Лысакова». В русской традиции фамилии на -ов/-ев чаще всего носили крестьяне и посадские люди, реже — духовенство, но дворянские роды с такой основой практически не встречаются: прозвище слишком бытовое.

Интересно, что корень «лыс-» породил целое гнездо фамилий: Лысов, Лысый, Лысенко, Лысаков. Среди них Лысаков выделяется именно суффиксом -ак, который в северных и центральных говорах придавал слову оттенок фамильярности или даже пренебрежения (сравните: дурак, простак). Поэтому, скорее всего, прозвище Лысак давали не просто лысому, а человеку с ярко выраженной, бросающейся в глаза лысиной — возможно, полностью лысому.

Споров о происхождении фамилии немного: версия о тюркском корне (например, от «лыс» — «труп» или «глина») не имеет серьёзной опоры, так как фамилия распространена в исконно русских регионах — Вологодской, Костромской, Нижегородской областях, где тюркское влияние было минимальным. Правдоподобнее всего, что предок носительницы фамилии Лысакова был просто лысым человеком, и это его качество закрепилось за родом.

В современных документах встречаются варианты написания с одной «с» (Лысакова) и изредка с удвоенной (Лыссакова), но нормативным остаётся первый вариант. Фамилия нередкая, но и не массовая — по данным открытых источников, в России её носят около трёх тысяч человек, преимущественно женщины (поскольку форма на -а чаще женская).