Фамилия Маерлэ — редкая, нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а западноевропейское, причём с ярко выраженным региональным колоритом. Скорее всего, это румынская или молдавская фамилия, записанная в русской транскрипции. В румынском языке «Măerle» или «Măerle» может быть формой от слова «mierlă» — «дрозд». Птичьи прозвища были распространённым источником фамилий в Карпато-Дунайском регионе: человека могли прозвать за голос, повадки или внешность, напоминающие эту птицу.

Обращает на себя внимание окончание «-э». В русской фамильной системе такое окончание — исключение. В румынском же языке оно естественно: многие фамилии оканчиваются на -е, -у или -э (например, Димитреску, Крянгэ). Вероятно, основатель рода нёс прозвище Маерлэ, которое закрепилось как фамилия без дополнительных русских суффиксов (-ов, -ин). Это говорит о том, что фамилия могла войти в русский обиход через переселенцев из Бессарабии или Молдавии, где такие формы были нормой.

Менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение фамилии в среде духовенства. В семинариях нередко образовывали фамилии от латинских или греческих слов. Латинское «merula» — «чёрный дрозд» — могло дать форму «Мерула» или «Мерлэ», которая со временем исказилась в Маерлэ. Однако для семинарской традиции характерны скорее «благозвучные» окончания вроде -ский, так что эта гипотеза слабее.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу бывшей Российской империи: Бессарабия, Подолье, возможно, Херсонщина. Встречаемость крайне низкая, что подтверждает её локальный и, вероятно, недавний характер в русскоязычной среде. Кем могли быть предки? Скорее всего, крестьянами или мещанами из молдавских или румынских селений, где прозвище по птице было понятно каждому. Дворянских корней у фамилии почти наверняка нет — в родословных книгах такой вариант не фиксируется.

Написание «Маерлэ» с буквой «э» на конце — ключевая примета. Если бы фамилия была исконно русской, она писалась бы через «а» или «о» и имела бы суффикс. Поэтому носителю фамилии стоит искать корни не в центральной России, а в румынском или молдавском ареале, обращая внимание на варианты «Мэерле», «Мерлэ» или «Мьерлэ».