Фамилия Маерли — редкий пример, когда внешне славянская модель образования скрывает немецкие корни. Суффикс -ли, который в русских фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (типа Шевченко, Гули), здесь работает иначе. В фамилии Маерли это окончание, скорее всего, передаёт немецкое -er или -le, характерное для южнонемецких и швейцарских фамилий: Майер (Mayer) могло превратиться в Маерли через диалектное произношение и последующую адаптацию на русской почве.

Основа фамилии — «Маер» — это вариант написания немецкой фамилии Майер (Meier, Mayer). В немецких землях Майер означал управляющего имением, старосту или арендатора, а в некоторых регионах — зажиточного крестьянина. Это одна из самых распространённых немецких фамилий, и её носители массово переселялись в Российскую империю в XVIII–XIX веках, особенно при Екатерине II, когда колонистам выделяли земли в Поволжье и на юге Украины.

Фамилия Маерли — это не самостоятельное изобретение, а результат искажения или диалектной записи. В немецких колониях фамилии часто записывали на слух, и местные писари могли передать «Майер» как «Маер», а затем добавить уменьшительный суффикс -ли, который в немецких диалектах (например, в швабском или алеманнском) превращает фамилию в ласкательную форму: «маленький Майер» или «сын Майера». Таким образом, предок носителя фамилии Маерли был либо выходцем из южногерманских земель, либо потомком немецкого колониста, чью фамилию адаптировали под местное произношение.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных и телефонных справочниках Маерли фиксируется единично, преимущественно на юге России и в некоторых регионах Казахстана — там, где исторически селились немецкие колонисты. Если искать однокоренные параллели, то в русском языке есть фамилии Маер, Маерс, Майер, но Маерли стоит особняком из-за редкого суффикса, который не даёт спутать её с украинской или польской моделью.

Споров о происхождении почти нет: славянская этимология здесь маловероятна, так как корень «Маер» не имеет значения в русских говорах, а суффикс -ли в исконно русских фамилиях не встречается. Единственная альтернативная версия — что фамилия могла возникнуть как прозвище от диалектного слова «маер» (например, в некоторых говорах так называли медлительного человека), но она слабая и не подкреплена документальными свидетельствами. Правдоподобнее всего версия с немецким переселенцем, чья фамилия обросла местным окончанием.