Фамилия Магаммедова — женская форма фамилии Магаммедов, и её происхождение напрямую связано с азербайджанской и, шире, тюркской ономастической традицией. В основе лежит личное имя Магаммед — местный фонетический вариант арабского имени Мухаммад («восхваляемый», «достойный хвалы»). В тюркских языках, особенно в азербайджанском, звук «х» в начале слова часто переходит в «г» или выпадает, отсюда форма Магаммед вместо привычного русскому уху Магомед.

Модель образования типична для фамилий народов Кавказа и Закавказья: к имени отца (в данном случае Магаммед) добавляется русский суффикс -ов/-ев, который в XIX–XX веках массово присоединяли к местным именам при оформлении документов. Суффикс -а в окончании указывает на принадлежность женщине, то есть носительница фамилии Магаммедова — дочь или жена человека по имени Магаммед. В отличие от русских фамилий на -ин, где -а — часть основы (Пушкина, Гагарина), здесь это чисто грамматический показатель женского рода.

Географически фамилия Магаммедова наиболее распространена в Азербайджане, а также среди азербайджанских общин в Дагестане и других регионах России. Встречается она и у туркмен, где имя Магаммед также популярно, но с меньшей частотой. В дореволюционной России носители этой фамилии относились к разным сословиям: от крестьян до купцов, но чаще всего — к сельским жителям, так как фамилия образована от распространённого имени, а не от прозвища или профессии.

Одна деталь, которая отличает эту фамилию от, скажем, Магомедовой: написание через «а» во втором слоге (МагАммедов) фиксирует именно азербайджанское произношение, где ударение падает на второй слог — МагАммед. В дагестанских вариантах (Магомедов) ударение обычно на последнем слоге, и корень звучит как «Магомед». Таким образом, по написанию можно судить о региональных корнях семьи: Магаммедова — скорее всего, из азербайджанской среды.