Фамилия Маганаков — редкий случай, когда географический след в основе оказывается едва ли не очевиднее антропонимического. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень «Маганак». В русских говорах и в тюркских языках Сибири это слово почти не встречается как личное имя или прозвище. Зато в топонимике оно даёт чёткий ответ.

Основная и самая правдоподобная версия — происхождение от названия реки Маганак в Башкортостане, левого притока Белой. Такой тип фамилий — по месту жительства или по реке, на которой стояла деревня, — характерен для башкирского и татарского населения, а также для русских переселенцев, живших по соседству. Человек, переехавший с Маганака в другую местность, легко получал прозвище Маганак, а его потомки уже становились Маганаковыми.

Менее вероятна, но допустима версия от тюркского личного имени Маганак, которое могло быть уменьшительной формой от Магомет (Мухаммед) в диалектах. Однако в ономастических справочниках такое имя не фиксируется как распространённое, а топонимическая привязка здесь весомее.

Суффикс -ов указывает, что фамилия сформировалась в русской среде — либо через обрусение тюркской фамилии, либо у русского населения, взявшего за основу местный гидроним. Сословно Маганаковы могли быть как государственными крестьянами, так и тептярями — так в Башкирии называли переселенцев разных народов, плативших подать. Фамилия редкая, встречается в основном в Башкортостане и соседних областях, что подтверждает её локальное происхождение.