Фамилия Магазинникова — женская форма фамилии Магазинников, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно в нём скрыта профессиональная история. Основа фамилии — слово «магазинник». В русском языке суффикс -ник указывает на человека по роду занятий или месту работы. Магазинником в XIX — начале XX века называли владельца магазина, лавочника, а иногда и приказчика, торгующего в лавке. То есть предок носительницы этой фамилии, скорее всего, держал торговую точку или служил в ней.

Модель образования типична для русских фамилий: сначала прозвище или профессиональное имя Магазинник, затем от него — фамилия с патронимическим суффиксом -ов: Магазинников (чей? — сын Магазинника). Женская форма Магазинникова появилась как естественное производное. Интересно, что фамилия эта не слишком частая, и её география тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где торговля была развита особенно активно, а слово «магазин» вошло в быт раньше, чем в северных губерниях.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Магазинникова содержит редкий суффиксальный элемент -ник-, который прямо называет занятие, а не отчество. Это сближает её с такими фамилиями, как Мельников, Плотников или Сапожников, но с той разницей, что «магазинник» — слово, которое почти исчезло из активного словаря, уступив место «продавцу» или «предпринимателю». В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования рассматриваются как профессиональные, и Магазинников стоит в одном ряду с Лавочниковым и Торговкиным.

Версия о возможной связи с еврейской фамилией Магазинник тоже существует, но для русской формы Магазинникова она маловероятна: суффикс -ов характерен именно для русского патронимического типа, тогда как у еврейских фамилий на -ник окончание обычно остаётся неизменным (как у того же Магазинника). Так что по происхождению это чисто русская фамилия, указывающая на то, что предок торговал в лавке или магазине, и вряд ли был крупным купцом — скорее, владельцем небольшого заведения.