Фамилия Магазинников образована от прозвища Магазинник, которое указывало на профессию или род занятий предка. Слово «магазин» пришло в русский язык из немецкого (Magazin — «склад, кладовая, хранилище»), а в бытовой речи XVIII–XIX веков так нередко называли не только крупные склады, но и торговые лавки. Соответственно, прозвище Магазинник мог получить владелец магазина, лавочник, приказчик или работник склада.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Магазинник- добавился патронимический суффикс -ов, означающий «сын Магазинника» или «из семьи Магазинников». Такая схема — одна из самых распространённых в русской ономастике, поэтому искать в фамилии какую-то редкую морфологию не стоит: она показательна именно своей типичностью.

Интересно, что в старых документах встречается вариант написания «Магазанников» — через «а» во втором слоге. Это не ошибка, а отражение живого произношения: в безударной позиции «а» и «о» звучали одинаково, и писцы фиксировали слово на слух. Оба написания ведут к одному корню.

О точном месте возникновения фамилии судить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий, и без генеалогического поиска по конкретной ветви определить регион невозможно. Однако можно предположить, что носители фамилии чаще встречались в городах и торговых слободах, где профессия лавочника или складского работника была востребована, — не в чисто земледельческих областях.

Фамилия Магазинников не относится к числу древних боярских или дворянских, но она ценна как живое свидетельство быта и занятий простых людей: торговли, складского дела, городского ремесла. В этом её интерес для историка и для того, кто ищет корни своего рода.