Фамилия Магдыш образована от имени Магда, которое представляет собой производную форму женского имени Магдалина. Оно в переводе с иврита языка означает «жительница Магдалы». Именование Магдалина принадлежало новозаветной Марии Магдалине, которая была родом из деревни Магдала, расположенной на Галилейском море. Название Магдала на иврите означает «башня». Суффикс –ыш указывает на то, что фамилия Магдыш складывалась под славянским влиянием. Ашкеназские фамилии оформляются формантами -сон/-зон (в буквальном переводе «сын»), -ман («человек, мужчина, муж»), -кинд («ребенок»), -бейн («кость»), -штам («ствол»), -ер, -с.