Фамилия Магидана — редкая и с трудом поддающаяся однозначной этимологии. Её форма не вписывается в типичные русские модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на более позднее или заимствованное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, адаптированная в русской среде из другого языка, или же искусственная, книжная.

Наиболее вероятная версия связывает её с древнееврейским словом «магид» — проповедник, странствующий учитель. В еврейской традиции магид — это не просто рассказчик, а духовный наставник, который разъяснял Тору простым людям. Суффикс -ан в таком случае мог указывать на принадлежность или характерное свойство («относящийся к магиду» или «сын магида»). Финальное «а» — типичное русское окончание, которое часто добавляли к иноязычным основам при русификации фамилий (сравните с фамилиями типа Абрамзон, где конечная «а» тоже нередко появлялась в документах). Таким образом, Магидана могла означать «потомок проповедника» или «из рода магида».

Менее убедительной выглядит гипотеза о связи с географическим названием. Существуют топонимы Магадан (город) и река Магаданка, но фамилия Магидана с гласной «и» в корне и ударением, вероятно, на последний слог, образует иной звуковой ряд. Вряд ли её выводили напрямую от названия дальневосточного региона — скорее, это случайное внешнее сходство.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные носители, судя по открытым данным, фиксируются на юге России и в некоторых областях Украины — в регионах, где исторически были компактные поселения ашкеназских евреев. Это косвенно подтверждает версию о еврейском корне. Сословно предки Магидана, скорее всего, относились к мещанам или купцам, реже — к раввинским семьям. Фамилия не дворянская и не крестьянская (для крестьян характерны патронимы на -ов/-ев).

Единственная зацепка для более точного поиска — попробовать найти запись фамилии в дореволюционных метрических книгах синагог или в ревизских сказках местечек Подольской, Волынской или Киевской губерний. Там она могла писаться как Магидан, Магиданов или даже Магиданович, а окончание «а» появилось уже в советских паспортах.