Фамилия Магиденко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой продуктивной на Левобережной Украине. Суффикс -енко изначально означал «маленький», «сын» или «потомок», поэтому Магиденко — это буквально «сын Магиды» или «потомок Магиды». Основа фамилии — прозвище или личное имя Магида. Здесь возможны два объяснения.

Первое и наиболее вероятное: Магида — это адаптация еврейского имени Магид или Магидсон. Магид (от ивритского «магид» — рассказчик, проповедник) — традиционное звание странствующего проповедника в иудаизме, часто передававшееся как фамилия. Фамилия Магиденко могла появиться у потомков еврейского проповедника, которые жили в украинской среде и получили фамилию по отцу с местным суффиксом. Такая ассимиляция — не редкость для фамилий на -енко, образованных от иноязычных основ.

Второе, менее распространённое объяснение: Магида может быть производным от греческого имени Магд (или Магда), через диалектное «магида» — «волшебница» (от греческого «mageia»). Но для украинского прозвища это звучит натянуто, так как слово «магида» не фиксируется в говорах как распространённое.

Географически фамилия Магиденко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, реже встречается на юге. В России она редка и обычно указывает на украинские корни. Сословной принадлежности предков мы не знаем, но суффикс -енко в XVIII–XIX веках был распространён среди казаков, мещан и крестьян, так что носители фамилии могли быть из любого свободного сословия.

Интересная деталь: в польских метрических книгах иногда встречается запись «Magidenko» с латинской графикой, что указывает на возможное бытование фамилии в католической среде Речи Посполитой. Это лишний раз подчёркивает, что основа «Магид» могла быть заимствована из еврейской среды, но затем обрусела или ополячилась через украинский суффикс.