Фамилия Магидина — это женская форма, а её основа — мужская фамилия Магидин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей сын?» — «Магидин», то есть сын Магиды. Следовательно, ядро фамилии — личное имя или прозвище Магида.

Корень здесь неочевидный и редкий. Самая вероятная версия — связь с еврейским именем Магид (Maggid), что в переводе с иврита означает «проповедник», «сказитель», «оглашающий». В иудейской традиции магид — это странствующий проповедник, который разъяснял Тору простым людям, часто с притчами и на родном языке (идише). Фамилии Магид, Магидович, Магидин широко распространены среди ашкеназских евреев. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Маги́дина.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от греческого имени Магда (сокращение от Магдалина) через диалектную форму Магида. Однако в этом случае мы бы ожидали фамилию Магдин или Магдинов, а не Магидин. Форма с ударным «и» после «г» указывает скорее на заимствование из идиша или иврита, где «магид» — устоявшийся термин.

Географически фамилия Магидин и её производные встречаются в основном в регионах бывшей черты оседлости: Украина, Белоруссия, Молдавия, а также в центральной России в местах расселения еврейских общин. Сословно предки Магидиных, скорее всего, относились к мещанам или купцам, редко — к духовному сословию, так как магид — это не раввин, а скорее народный учитель.

Таким образом, фамилия Магидина — не просто отчество, а указание на род занятий предка по мужской линии: он был проповедником, учителем, человеком слова. В отличие от многих «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Плотников), эта сохраняет связь с интеллектуальной, а не ремесленной традицией.