Фамилия Маглена — одна из тех, что напрямую отсылает к библейской истории. В её основе лежит имя Мария Магдалина, точнее, его сокращённая народная форма. Мария Магдалина, согласно Евангелию, происходила из галилейского города Магдалы — отсюда и её прозвание. Она была исцелена Христом от одержимости, после чего стала одной из самых преданных его последовательниц: сопровождала Учителя, служила ему своим имением, стояла у креста во время распятия и присутствовала при погребении. А на рассвете после субботы именно она с другими жёнами-мироносицами поспешила ко гробу, чтобы помазать тело ароматами, и первой удостоилась увидеть воскресшего Спасителя.

Имя Магдалена в бытовой речи на Руси нередко сокращали, усекая основу — так появилась форма Маглена. От неё и образовали фамилию. По словообразовательной модели это типичный пример фамилии, возникшей из имени без дополнительного суффикса (ср. Гаврила, Фома, Кузьма). В данном случае фамилия Маглена — это застывшая форма самого имени, которая перешла на потомков. Человек, носивший имя Маглена, передал его своим детям как родовое прозвание.

Поскольку фамилия образована от женского имени, это необычно для русского ономастикона: чаще фамилии давали по отцу. Здесь возможны два объяснения. Либо так звали самого родоначальника — мужчину, которого в крещении нарекли в честь святой Марии Магдалины (такое случалось, хоть и редко). Либо фамилия закрепилась за детьми вдовы или матери-одиночки, которую в округе знали как Маглену. Окончательно прояснить, какой из этих путей верен для конкретного рода, можно только через генеалогическое исследование: проследить переписи, метрические книги и ревизские сказки.

Фамилия Маглена — редкая, она не попала в массовые списки типовых русских фамилий. Географически её можно встретить в южнорусских и украинских областях, где имя Магдалина было более употребительно. В некоторых говорах фамилия могла писаться через «о» — Маглена, но ударение в любом случае падает на первый слог.