Фамилия Магомедеров — это не самостоятельная форма, а фонетический вариант фамилии Магомедяров. Разница в одну букву возникла из-за особенностей произношения: в некоторых говорах и при устной передаче фамилии звук «я» ослаблялся до «е», и «Магомедяров» превратился в «Магомедеров». Обе фамилии восходят к одному корню — составному имени Магомедяр. Первая часть имени — Магомед, устаревшая форма имени Мухаммед, которое с арабского переводится как «восхваляемый, прославляемый». Вторая часть — древнетюркское слово «яр», означающее «близкий человек», «товарищ» или «помощник». Целиком имя Магомедяр можно понять как «друг Магомеда (Мухаммеда)».

Модель образования фамилии здесь необычна. В русской ономастике суффикс -ов/-ев стандартно присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный, образуя притяжательное значение: «чей?» — «Магомедеров» значит «потомок человека по имени Магомедер». Но исходная форма Магомедер — это, скорее всего, не самостоятельное имя, а усечение или бытовой вариант от Магомедяр (отпал конечный «я», и получилось Магомедер). Редкие суффиксы вроде -ский/-цкий, -онок/-енок, -енко, характерные для украинцев, белорусов и поляков, для этой фамилии не применялись: она образована по общерусской модели с -ов.

Географически фамилия Магомедеров встречается в регионах с сильным влиянием ислама и тюркских языков — в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди народов, исповедующих ислам, на Северном Кавказе и в Поволжье. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя или прозвище Магомедер, что указывает на религиозную и культурную связь с именем пророка Мухаммеда. Социальный контекст: фамилия не относится к дворянским или купеческим родам, а типична для крестьянских и городских слоёв, где имя давали в честь почитаемой фигуры, а прозвище «яр» (друг, товарищ) подчёркивало близость к общине или конкретному человеку.