Фамилия Магомедерова — это фонетический вариант фамилии Магомедярова. В её основе лежит имя Магомедяр, которое сложили из двух частей. Первая часть — Магомед, устаревшая форма имени Мухаммед. С арабского языка оно переводится как «восхваляемый, прославляемый». Вторая часть восходит к древнетюркскому слову «яр», которое означало «близкий (любимый) человек», «товарищ», «помощник». Поэтому имя Магомедяр в целом трактуют как «друг Магомеда (Мухаммеда)».

При образовании фамилии суффикс -ов/-ев присоединили к основе Магомедер — так в народном произношении могло звучать исходное имя. Этот суффикс указывает на принадлежность: потомок человека по имени Магомедер со временем стал Магомедеровым. Такая модель типична для русских фамилий, которые возникали от тюркских или арабо-тюркских имён через адаптацию к русской грамматике.

Сама фамилия несёт память о семейной истории. Передаваясь из поколения в поколение, она сохраняет сведения о происхождении человека: предок носителя фамилии, вероятно, был назван в честь пророка Мухаммеда, а вторая часть имени подчёркивала его дружеские или товарищеские качества. Встречаются и другие способы образования подобных фамилий — с суффиксами -ский, -енко, -онок, свойственными украинцам, белорусам или полякам, — но в данном случае закрепился именно вариант с -ов.