Фамилия Магомедханова образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ов, который в женском роде даёт окончание -а. Это указывает на то, что фамилия принадлежит женщине; мужской вариант — Магомедханов. Основа здесь составная, что сразу бросается в глаза: она склеена из двух арабских имён — Магомед (Магомед) и Хан. Такая конструкция типична для народов Кавказа и Поволжья, где имя могло быть двусоставным, чтобы подчеркнуть знатность или религиозную принадлежность.

Первая часть, Магомед, — это диалектная форма имени Мухаммад (пророк ислама). Вторая часть, Хан, — тюркский титул, который в составе личных имён часто давали как пожелание власти, благородства или в честь предка-правителя. Таким образом, имя Магомедхан буквально означает «Мухаммад-правитель» или «хан Мухаммад». Фамилия, соответственно, перешла по наследству от отца или предка, которого звали Магомедхан.

В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянами в XVIII–XIX веках, Магомедханова — относительно поздняя по времени фиксации. Она стала активно оформляться в паспортную систему в советский период, когда представители народов Дагестана, Чечни, Ингушетии, а также татары и азербайджанцы получали фамилии по русскому образцу. Поэтому географически фамилия почти на сто процентов привязана к Северному Кавказу, особенно к Дагестану, где имя Магомедхан встречается часто.

Любопытно, что составная основа «Магомед-хан» могла существовать и как прозвище-титул: в прошлом так могли называть уважаемого старейшину или религиозного деятеля, который одновременно обладал светской властью. Однако в большинстве случаев это просто личное имя, которое позже стало фамилией. Среди однокоренных вариантов — Магомедов, Магомедханов, Магомедгаджиев, и все они восходят к одному корню, но различаются второй частью (титул, имя второго предка). Фамилия Магомедханова — одна из немногих, где в основе прямо соединены два самостоятельных элемента, что делает её прозрачной для этимолога.