Фамилия Магомкдова — один из тех редких случаев, где ошибка в написании или огласовке может полностью скрыть происхождение. Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии Магомедова, распространённой у народов Кавказа и тюркских групп. Основа здесь — арабское имя Магомед (диалектная форма от Мухаммед, «восхваляемый»), а суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын Магомеда» или «из рода Магомеда». Модель образования типична для русифицированных фамилий, которые в XIX–XX веках фиксировали в документах у дагестанцев, чеченцев, ингушей, азербайджанцев и других народов.

Но «Магомкдова» — нестандартное написание. Вставная буква «к» могла возникнуть из-за особенностей произношения: в некоторых диалектах кумыкского или даргинского языка звук «д» после «г» смягчается или озвончается, а при записи на слух чиновник мог передать это как «кд». Либо это результат описки, когда «е» заменили на «к» — в рукописных метрических книгах строчные «е» и «к» иногда путали. Вторая версия: фамилия образована не от имени Магомед, а от прозвища Магомк — например, так могли называть человека с особым говором или дефектом речи, но это менее вероятно, так как арабское имя-основа встречается повсеместно.

С точки зрения географии, фамилия с таким написанием почти не встречается в открытых базах — это говорит о её локальности или единичности. Возможно, она закрепилась в одной семье, которая переселилась из горного Дагестана в равнинные районы, где паспортисты записывали фамилию на слух. Социально предки носителя могли быть крестьянами-общинниками или ремесленниками: имя Магомед было одним из самых популярных, поэтому по фамилии нельзя определить сословие, только регион происхождения — скорее всего, Северный Кавказ. Разбор суффикса и искажения даёт больше, чем попытка искать «корень Магомк»: это типичная история адаптации мусульманского имени в русской канцелярии.