Фамилия Магуй — редкий случай, когда ударение падает на последний слог, и это сразу подсказывает, что корни у неё нерусские. В исконно русских фамилиях такое ударение почти не встречается, поэтому первую версию стоит искать на юге, в украинском или белорусском языке. Там слово «магуй» — это повелительная форма глагола «магати» (уметь, мочь). Прозвище Магуй могли дать человеку умелому, мастаку на все руки, или, наоборот, иронично — тому, кто только хвастался своим умением. Такие «глагольные» фамилии без суффиксов (Куй, Грей, Жги) характерны для западнорусских земель и Украины.

Вторая версия ведёт в тюркские языки. В татарском и башкирском «магуй» или «магый» означает «смысл», «значение», а в некоторых диалектах — «наставление». Это могло быть прозвищем мудреца, знахаря или человека, который любил поучать. Учитывая, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где веками жили татары и башкиры, тюркское происхождение не менее вероятно, чем славянское. Окончание на -уй здесь не суффикс, а часть корня, поэтому фамилия не склоняется как типичная русская — мы говорим «у Магуя», «к Магую», что тоже выдаёт её нерусскую природу.

С точки зрения словообразования, фамилия Магуй стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Она застыла в форме прозвища или имени, которое дали человеку и которое он передал потомкам. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия могла писаться по-разному: Магуй, Магый, Магуев (последнее — попытка «обрусить» её добавлением суффикса принадлежности). Сегодня носители фамилии рассеяны от западной Украины до Башкортостана, и это как раз подтверждает, что единого корня у неё нет: разные люди в разных местах получили одно и то же прозвище по сходным причинам.

Чётких данных о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет. Скорее всего, предки первых Магуев были вольными людьми: ремесленниками, скотоводами или мелкими торговцами. Фамилия не попала в родословные книги, потому что её носители не принадлежали к знати. Но именно эта «простота» и делает её ценной для историка: Магуй — не книжное изобретение, а живое прозвище, которое люди давали друг другу в быту, и в нём слышен голос того, кто назвал так своего соседа или родственника.