Фамилия Макаеркно — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия оказывается, скорее всего, искусственной или иноязычной по происхождению. В ней нет ни одного характерного для восточнославянских фамилий суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский, -их). Окончание -о наводит на мысль об украинском или белорусском следе, но корень «Макаерк» для этих языков нехарактерен.

Самое правдоподобное объяснение — фамилия возникла в среде духовенства, где было принято давать «говорящие» фамилии из латыни или греческого. Макаеркно может быть искажённым вариантом латинского Macer («тощий, худой») или Macarius (от греч. «блаженный»). В семинариях любили переделывать простонародные прозвища в более благозвучные: например, от прозвища Макар (от имени Макарий) могли образовать фамилию Макаров, а для большей оригинальности — добавить латинизированное окончание. Фамилия Макаеркно могла принадлежать выпускнику духовной академии, который получил фамилию, составленную из корня «Макар» и суффикса, напоминающего польское или латинское слово.

Вторая версия — фамилия могла возникнуть в западнорусских землях (современные Беларусь или Украина) как результат трансформации польской фамилии Makarewicz или Makarczuk. Звук «к» вместо «ц» и окончание -кно встречаются в некоторых говорах Полесья или Подляшья. В таком случае фамилия означала бы «сын Макара» или «человек из рода Макаровых», но в необычной диалектной огласовке.

Третья, менее вероятная версия — фамилия происходит от литовского или латышского слова, например, makaras («мешок» или «неуклюжий человек»). Однако для фамилий балтийского происхождения окончание -кно нехарактерно.

География фамилии невелика. Носители Макаеркно встречаются в основном в Беларуси, на западе России и среди потомков эмигрантов в США и Канаде. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её позднее, вероятно, семинарское происхождение или возникновение в результате ошибки писаря.

Таким образом, скорее всего, Макаеркно — это искусственная фамилия, образованная от имени Макар с добавлением необычного суффикса, возможно, под влиянием латыни или польского языка. Предки носителя могли быть либо священниками, либо крестьянами, получившими фамилию в XIX веке при переписи от грамотного чиновника, который решил «украсить» простое имя.