Фамилия Макарий — редкий случай, когда в основе лежит полная, а не уменьшительная форма крестильного имени. Большинство русских фамилий образовано от производных форм (Макар, Макарыч), а здесь — от самого церковного имени Макарий, которое в переводе с греческого означает «счастливый, блаженный». Такая модель (имя целиком становится фамилией) характерна в основном для духовенства и, реже, для высших слоёв общества. Скорее всего, основатель рода Макарий обладал высоким социальным статусом или принадлежал к церковной среде, где полное имя было нормой.

Однако здесь есть лингвистическая тонкость. В русском языке фамилии на -ий, как правило, имеют окончание в именительном падеже: Макарий, но в родительном — Макария. Поэтому фамилия «Макарие» может указывать на два варианта происхождения. Первый: это застывшая форма родительного падежа (кого? — Макария), которая в некоторых говорах и документах XVI–XVII веков писалась как «Макарие» из-за смешения окончаний -ия и -ие. Второй: фамилия могла быть записана в косвенном падеже, когда человека именовали «сын Макария», а со временем эта форма закрепилась как родовая.

Фамилия Макарий представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, но её написание через «е» на конце — скорее всего, результат диалектных особенностей или ошибки писца. О точном месте и времени возникновения фамилии Макарие в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным, а редкие формы часто «теряются» в архивных записях.